Polskie Towarzystwo Psychologii Analitycznej powstało w lutym 2001 roku w Warszawie. Założycielami PTPA byli uczestnicy pierwszego odbywającego się w Polsce kursu psychologii analitycznej organizowanego przez International Association for Analytical Psychology. Na zebraniu założycielskim w lutym 2001 roku zostały wybrane władze PTPA: Zarząd stowarzyszenia, Komisja Rewizyjna oraz Sąd Koleżeński (Komisja Etyki); przyjęty został także Statut stowarzyszenia opracowywany w 2000 roku przez uczestników kursu analitycznego. W kwietniu 2001 roku Sąd Okręgowy w Warszawie zatwierdził Statut PTPA, a stowarzyszenie zostało wpisane do Krajowego Rejestru Sądowego. Pierwszą siedzibą PTPA w latach 2001-2005 była Warszawa; następnie w latach 2005-2009 siedzibą stowarzyszenia był Kraków. W styczniu 2010 roku siedziba PTPA została przeniesiona do Wrocławia.
W sierpniu 2001 roku podczas odbywającego się w Cambridge XV-go Międzynarodowego Kongresu International Association for Analytical Psychology Polskie Towarzystwo Psychologii Analitycznej uzyskało nadany przez Zarząd IAAP status Developing Group.
Od 2010 roku PTPA posiada również nadany przez IAAP status Routers Group, czyli „grupy routerskiej”.
